Cet épisode spécial raconte une histoire totalement à part de la série dans laquelle Naruto décide de rendre service au petit Konohamaru. Ce dernier, qui vient de monter sa propre mini-organisation de ninjas, est amoureux d'une jeune fille du nom de Yoshino Kaede. La petite fille doit en effet quitter le village car son père est muté ailleurs. Konohamaru décide alors d'aller trouver le trèfle pourpre à quatre feuilles qui lui permettra d'exaucer n'importe quel vœu, notamment celui de faire rester Kaede. Il demande l'aide de Naruto pour récupérer cet objet magique. Nos deux jeunes villageois vont devoir se rendre à Akagahara, une zone interdite...
La team 7 (Naruto, Sasuke, Sakura et kakashi-sensei) est investie d'une mission de rang C : "escorter le chef du village caché de Taki (la cascade) lors de son voyage de retour vers son pays. La mission se déroule sans problèmes, mais une fois arrivés ils rencontrent des renégats du village. Leur but : s'emparer de "l'eau des héros", délivrant une puissance extraordinaire à celui qui la boit (non sans effets secondaires). Le jeune chef de Taki va devoir trouver en lui la force et la confiance nécessaire pour repousser l'envahisseur. Sasuke et surtout Naruto seront là pour l'aider...
Naruto et son équipe participent aux Jeux Olympiques de Konoha, mais Naruto a, dès le début, une très forte envie d'aller aux toilettes !! On y voit notamment, Orochimaru, Kisame, Itachi, le 3eme Hokage et encore plein de personnages qui n'ont rien à faire là ou qui sont mortes !
Tsunade organise un tournoi d'arts martiaux où le vainqueur se verra remettre un prix des plus intéressants. En plus de l'intérêt qu'il porte a ce prix Naruto décide de participer à ce tournoi pour pouvoir se mesurer à Sasuke et à son sensei Kakashi. Pour gagner chaque participant a droit à un cristal et s'emparer de celui des autres à la suite d'un combat ou d'un simple vol.
